プロテクトモードに移行し、各セレクタを32bit化することは できました。しかし、 BIOSが提供する割り込みハンドラはリアルモード用です。 プロテクトモードの割り込みはプロテクトモードで実行されます。 この状態で割り込みを許可するとハングアップします。
割り込みが起きたとき、 CPU は IDTR が指すベースアドレスをベースとした 配列にアクセスします。 割り込みハンドラを用意するには、 IDTRとこの配列を設定すれば良いことになります。 この配列の各エントリには、 リアルモードでは4バイトのfarポインタ、 プロテクトモードでは8バイトのdescriptorを与えます。 起動時に 割り込みハンドラとして 0000h:0000hからの400バイトが使われるのは、 IDTRのベースアドレスには0、 リミットには3FFhが設定されているためです。
割り込み用のdescriptorは次の構造体です。

#define	P32_SEGDESC_DESCTYPE_INTGATE32		0x0e
#define	P32_SEGDESC_DESCTYPE_TRAPGATE32		0x0f

struct P32_GATEDESC
{
	unsigned short	m_offset_L;
	unsigned short	m_selector;
	unsigned char	m_reserved;
	unsigned char	m_desctype;
	unsigned short	m_offset_H;
};

struct P32_IDTR
{
	unsigned short	m_limit;
	unsigned long	m_base;
};

P32_GATEDESC g_interrupt_desc[256];

	P32_IDTR	idtr;

	idtr.m_limit = (256 * 8) - 1;
	idtr.m_base = (exact32u_t)(void*)(&g_interrupt_desc);
	__asm__ __volatile__ (
		"lidt (%0)"	// ASM
		:	// OUT
		: "r"(&idtr)	// IN
		);

extern "C" void p32_init_pic(void);
__asm__(
	".text\n"
	".globl p32_init_pic\n"
	".globl _p32_init_pic\n"
	"p32_init_pic:\n"
	"_p32_init_pic:\n"

	"inb $0x21,%al\n"	// IMR (master)
	"mov %al,%dl\n"
	"inb $0xa1,%al\n"	// IMR (slave)
	"mov %al,%dh\n"

	"mov $0x11,%al\n"
	"outb %al,$0x20\n"	// ICW1 (master)
	"outb %al,$0xa0\n"	// ICW1 (slave)

	"mov $0x20,%al\n"
	"outb %al,$0x21\n"	// ICW2 (master)
	"mov $0x28,%al\n"
	"outb %al,$0xa1\n"	// ICW2 (slave)

	"mov $0x04,%al\n"
	"outb %al,$0x21\n"	// ICW3 (master)
	"mov $0x02,%al\n"
	"outb %al,$0xa1\n"	// ICW3 (slave)

	"mov $0x01,%al\n"
	"outb %al,$0x21\n"	// ICW4 (master)
	"mov $0x01,%al\n"
	"outb %al,$0xa1\n"	// ICW4 (slave)

	"mov %dl,%al\n"
	"outb %al,$0x21\n"	// IMR (master)
	"mov %dh,%al\n"
	"outb %al,$0xa1\n"	// IMR (slave)

	"ret\n"
	);

extern "C" void p32_enable_nmi_and_irq(void);
__asm__(
	".text\n"
	".globl p32_enable_nmi_and_irq\n"
	".globl _p32_enable_nmi_and_irq\n"
	"p32_enable_nmi_and_irq:\n"
	"_p32_enable_nmi_and_irq:\n"

	"mov $0x8D,%al\n"
	"outb %al,$0x70\n"	// enable NMI
	"inb $0x80,%al\n"	// I/O wait
	"inb $0x71,%al\n"	// read port 70h

	"sti\n"

	"ret\n"
	);